Стремясь реализовать свою мечту, император Павел увлекся идеей перевести в Российскую Империю старейший Мальтийский орден. Делал он это отнюдь не для «принижения» собственно российских орденов, как совершенно напрасно утверждают некоторые историки. Император видел, что существующие ордена изначально оформились как средства награждения, и не хотел ломать этой традиции. Но наряду с ними он желал иметь в своем распоряжении орденскую ОРГАНИЗАЦИЮ, занимающуюся воспитанием дворянства и служащую целям его внутренней и внешней политики. В введении Мальтийского ордена переплелись и романтическая рыцарская настроенность государя, и его вполне реальные внутригосударственные и дипломатические замыслы. Со стороны ордена Госпитальеров также существовала заинтересованность в помощи русского государя. В Россию снарядили орденское посольство, благосклонно принятое императором. Павел I взял орден под свое высочайшее покровительство и учредил два приората – католический в Польше и православный в России. Остров Мальта император повелел считать русской губернией.
В 1798 г. генерал революционной Франции Наполеон Бонапарт захватил Мальту. Остров вполне мог отразить нападение, но великий магистр Ф. Гомпеш проявил возмутительное малодушие и капитулировал. Его проступок вызвал всеобщее возмущение рыцарей, и 15 августа 1798 г. он был лишен своего сана. Одновременно госпитальеры обратились к императору Павлу с прошением о том, чтобы он стал великим магистром ордена.
С строго юридической стороны всероссийский император, православный и женатый вторым браком, не вполне соответствовал требованиям, предъявлявшимся к великим магистрам католического ордена, кавалеры которого давали обет безбрачия. Но в отношении государей, как помазанников Божиих, стоящих над законом, всегда действовали особые правила. Сегодня Мальтийский орден признает императора Павла своим великим магистром только де-факто, но если бы государь не пал жертвой заговора, возможно, его желание сделать великое магистерство наследственным в своем доме получило бы полное признание и юридическое оформление.
Как бы то ни было, но 29 ноября 1798 г. Павел I принял сан великого магистра ордена Св. Иоанна Иерусалимского и заявил о его официальном учреждении в Российской Империи. Мальтийский крест государь включил в государственный герб, а звание великого магистра – в титул всероссийских императоров. Он узаконил наследственные командорства ордена, учреждавшиеся с его особого разрешения и ввел степень почетных кавалеров. Император стремился сделать Мальтийский орден авангардом борьбы с революцией в Европе. Увы, его планы были прерваны 11 марта 1801 г., когда изменники злодейски умертвили своего царя в Михайловском замке.
Вступивший на обагренный кровью отца трон император Александр I отказался от сана великого магистра Мальтийского ордена, и провозгласил себя лишь его «Протектором» (покровителем). Но и от этого звания он отрекся в 1803 г. А 20 января 1817г. Александр Благословенный полностью упразднил на территории своей империи орден иоаннитов, ликвидировав и наследственные командорства. Данный акт имеет для русских верноподданных обязательную силу, поэтому попытки восстановить православную ветвь Мальтийского ордена на основе принципа наследственности, имевшие место после революции, в частности инициатива великого князя Александра Михайловича, не имеют никакой легитимной основы.
Кавалерами Большого Креста Мальтийского ордена до революции стали императоры Александр III и Николай II, императрица Александра Феодоровна и великий князь Сергей Александрович.
Орден носили:
– лица мужского пола – Большой Крест на шее на черной шелковой муаровой ленте (Великий приор и командоры); Малый Крест в петлице на черной шелковой муаровой ленте (прочие награжденные);
– лица женского пола – I степень (Большой Крест) на ленте через левое плечо, II степень (Малый Крест) – на левой стороне груди.
Описание знаков ордена
Знак ордена представляет собой золотой восьмиугольный крест, с лицевой и оборотной стороны покрытый белой эмалью. Между концами креста расположен золотой орнамент в виде лилий. К верхнему концу прикреплено кольцо с большой ажурной короной.
Лента черная шелковая муаровая.

20 июня 1800 года был учрежден донатский знак за выслугу лет для нижних воинских чинов. Первоначально его выдавали наряду с Анненским знаком, но 9 октября того же 1800 года он окончательно вытеснил солдатскую "Анну".